Благовещенская церковь построена в 1660 году на месте деревянной церкви, которую разобрали «за ветхостью». Она была расположена в селе Ново-Благовещение, которое в 1777 году вошло в черту города Борисоглебска. Церковь до 1764 года принадлежала Ярославскому Спасо-Преображенскому монастырю.
Существует гипотеза, что ее строили московские строители. Вероятно, это связано с конструктивными особенностями Благовещенской церкви. Действительно, для московского культового зодчества XVII века характерны небольшие бесстолпные храмы, украшенные горками кокошников. Благовещенская церковь построена в этом стиле. Она является единственным бесстолпным храмом в городе. В основе храма квадрат 11 на 11 м, толщина стен 1м 30см.
Главной святыней церкви была Донская икона Пресвятой Богородицы. В 1771 году она спасла жителей слободы от морового поветрия. Память о почитании чудотворного образа сохранилась в названии улицы Донская. Сегодня Чудотворный Донской образ Божьей Матери находится в Воскресенском соборе.
Официальная дата закрытия Благовещенской церкви – 21 ноября 1929 года. Помещение было передано для использования под культурные нужды общественных организаций. Одним из самых многострадальных храмов в советский период оказалась Благовещенская церковь. В её помещении размещался клуб имени Сталина, затем пекарня. Церковь попытались разобрать на кирпичи, но слишком прочной оказалась кирпичная кладка.
В 2000 году был зарегистрирован приход, а в престольный праздник святителя Алексия – 25 февраля в 2001 году состоялась первая Литургия.
В храм возвращаются старые иконы. Их приносят прихожане и гости храма. Вернулись иконы Казанской Божьей Матери, Петра и Павла 1885 года, святитель Николай, изображенный в полный рост и многие другие.
